A iniciativa, no entanto, ficou limitada ao Ceará. A passagem da Comissão Científica pela província foi marcada por tensões e conflitos. A imprensa da época apelidou o empreendimento de nomes como "Comissão das Borboletas" ou "Comissão Defloradora".
Incidentes envolvendo ajudantes da Comissão, problemas ligados às especificidades da região e até a tentativa frustrada de aclimatação de 14 camelos para realizar a travessia eram muito noticiados. As mudanças políticas nos gabinetes imperiais e a Guerra do Paraguai, na qual o Brasil se envolveu militarmente, implicaram na diminuição dos orçamentos e da atenção dispensada à Comissão Científica.
A viagem gerou uma vasta documentação, como relatórios, diário de viagem, apontamentos sobre a seca, estudos botânicos e vários outros temas, além de objetos coletados no local. O legado concentra-se em instituições do Rio de Janeiro, como o IHGB e o Museu Histórico Nacional (MHN). No Ceará, algumas das aquarelas de Reis Carvalho podem ser vistas no Museu do Crato. O Museu do Ceará lançou, recentemente, documentação inédita sobre a expedição, com escritos de alguns dos membros da Comissão Científica.
Fonte Caderno Regional do Diário do Nordeste
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